Kitô giáo là tôn giáo chiếm ưu thế trong Lesotho.[9] Hội đồng Kitô giáo của Lesotho, là nơi bao gồm đại diện của tất cả các nhà thờ Kitô giáo lớn trong nước, ước tính rằng khoảng 90% dân số là người Kitô giáo. Trong đó Tin Lành đại diện cho 45% dân số (Hội Truyền giáo Phúc âm Liên hiệp 26%, Anh giáo và các giáo phái khác 19%), Công giáo Rôma đại diện cho 45%dân số, Hồi giáo, Ấn Độ giáo, Phật giáo, Baha'i, và các thành viên của các tôn giáo bản địa truyền thống bao gồm 10% còn lại của dân số.

Trong khi các Kitô hữu có thể được tìm thấy trên khắp đất nước, thì người Hồi giáo sinh sống chủ yếu ở phía đông bắc. Hầu hết các tín đồ Hồi giáo có nguồn gốc từ châu Á, trong khi phần lớn các Kitô hữu là người bản địa.

Nhiều Kitô hữu vẫn thực hành văn hóa tín ngưỡng truyền thống bản địa của họ và cùng với nghi lễ Kitô giáo. Giáo hội Công giáo Lesotho đã hợp nhất một số khía cạnh của văn hóa địa phương vào các nghi lễ của nó. Ví dụ, hát thánh ca trong các buổi lễ đã phát triển thành một nghi thức địa phương và được hát bằng tiếng Sesotho, ngôn ngữ bản địa cùng với tiếng Anh. Ngoài ra linh mục Lesotho được mặc trang phục địa phương trong quá trình thực hiện nghi lễ. Vai trò nổi bật của Giáo hội Công giáo trong đất nước xuất phát từ việc thành lập thành các trường Công giáo trong nhiều thế kỷ qua và ảnh hưởng của họ đối với chính sách giáo dục. Giáo hội Công giáo được sở hữu khoảng 75% của tất cả các trường tiểu học và trung học trong cả nước, và họ cũng là một nhân tố trong việc xây dựng Đại học Quốc gia Lesotho. Giáo hội Công giáo Lesotho cũng đã giúp cho Đảng Quốc gia Basotho (BNP) được thành lập trong năm 1959 và tài trợ nó trong cuộc bầu cử vào năm 1966. Hầu hết các thành viên của BNP là tín hữu Công giáo Rôma. BNP cai trị đất nước từ khi độc lập vào năm 1966 cho đến năm 1985 khi nó bị lật đổ trong một cuộc đảo chính quân sự. Sau đó, phe đối lập Đảng Đại hội Basutoland (BCP) trong lịch sử đã liên kết với những người Tin Lành hoặc các nhóm truyền giáo khác. Họ bị buộc phải sống lưu vong vào năm 1973 sau khi bị từ chối chiến thắng trong cuộc bầu cử năm 1970. Các thành viên của BCP, vẫn là các tín hữu Tin Lành, đã giành chiến thắng khi cuộc bầu cử được tổ chức lại vào năm 1993 và họ có 65 ghế trong Quốc hội.[10]

Hiến pháp Lesotho quy định quyền tự do tôn giáo, và Chính phủ Lesotho nói chung tôn trọng quyền này trong thực tế.